Công Ty Cổ Phần Dược Phẩm Sao Kim được thành lập ngày 24/05/1999. Từ năm 1999 đến nay, Công ty đã xuất khẩu hàng trăm tấn nguyên liệu thuốc chữa sốt rét artemisinin và bán tổng hợp các dẫn chất của nó (dihydroartemisinin, artesunate, artemether, arteether,…) cho các công ty Dược phẩm hàng đầu của Châu Âu, Châu á, và Châu Phi. Saokim Pharma trở thành một trong những Công ty dẫn đầu thế giới về sản xuất và xuất khẩu mặt hàng này.

Tháng 3/2005, Công ty chính thức xây dựng Nhà máy sản xuất dược phẩm với những thiết bị, dây chuyền bào chế thế hệ mới nhất tại KCN Quang Minh, Mê Linh, Hà Nội.

Tháng 10/2006, Nhà máy tiếp nhận chứng chỉ Thực hành tốt sản xuất thuốc (GMP, Good Manufacturing Practice) theo khuyến cáo của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) do Bộ Y tế Việt Nam cấp.
Tháng 11/2006, Nhà máy đạt tiêu chuẩn ISO 9001:2000 do Tổ chức BVQI Vương quốc Anh cấp. nhà máy chính thức sản xuất những sản phẩm chất lượng cao đầu tiên theo tiêu chuẩn GMP/GLP/GSP-WHO. Hệ thống kinh doanh trên toàn quốc chính thức đi vào hoạt động cung cấp những sản phẩm chất lượng được giới chuyên môn và người tiêu dùng đánh giá cao.

Tháng 10/2008, Saokim Pharma vinh dự là công ty dược phẩm đầu tiên tại Việt Nam nhận Chứng nhận thực hành tốt sản xuất thuốc GMP-WHO nguyên liệu dược theo khuyến cáo của Tổ chức Y tế Thế giới do Bộ Y tế Việt Nam cấp.